相關工藝複雜，技術（shù）風險大
潔淨室通常（cháng）用於對環（huán）境（jìng）要求較高、工業流程複雜的高科技行業，以及對人民群眾的生命健康造成威脅的醫療衛生和食品（pǐn）行業。
在（zài）潔淨室受控空間中，偶爾（ěr）有一個大分子的（de）出現，或者是（shì）一個細菌的產生都會對成品（pǐn）率和人（rén）民的生命健康造成巨大的影響。
例如，一（yī）個細菌如果得不到及（jí）時的處理，則可能在幾個小時之（zhī）內就會（huì）形成一個大的菌（jun1）落；而（ér）大粒子（zǐ）的（de）出現則有可（kě）能（néng）造成一批次產品的報（bào）廢，嚴重的（de）情況下甚至（zhì）導致潔淨室的（de）報廢。
而在氣流組織（zhī）中，如（rú）果人員或半成品的流動造成了對潔淨室氣流的特殊擾動，就會打破潔淨（jìng）室內部氣流平衡，引發各潔淨區域之間氣流的（de）串擾，造成難以估量的損失。
設計和施工複雜，建造費用高
高級別潔淨室的建造費用很高，一般來說，優於 100 級（FS 209）單（dān）向流的潔淨室，其室內裝修（牆、頂、地、門、窗等）和空調淨化係統（包括製（zhì）冷（lěng）空調設備和管道配件、淨化設備和配件等）的初投資（zī）大約為人（rén）民幣 10000 元（yuán） /m2。
如果加上純水製備設（shè）備和係統管道（dào），純氣發生和係（xì）統管道，廢水治理設備和管道，消防係統，供配（pèi）電和自控係統，真空（kōng）清掃係統，等等，其單位麵積的建造投資費用高（gāo）達（dá） 25000~30000 元 /m2。
如此高的建造費用，也未（wèi）必保證潔淨室的百分百合格，在龐大的潔淨室係統和潔淨環境的設計和施工過程中，潛在的問題多，未能受控的汙染源，譬如少量的微粒、輕微的氣流擾動、微小的震動都會導致整個潔淨室的環境失控。
潔淨室需經過空態、靜（jìng）態和動態的驗收，任何一個環節都可能存在（zài）風險，同時，在工廠正式（shì）運作後，潔淨室出現（xiàn）問題的（de）可（kě）能也很大。
因此（cǐ），潔淨（jìng）室工程行業（yè）企業麵（miàn）臨巨大的技術風險，以及後（hòu）續（xù）潔淨室運行、維護（hù）和調試、檢測的壓力。
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